Package: python3-dna-jellyfish (2.3.1-4 and others)
Links for python3-dna-jellyfish
Debian Resources:
Download Source Package jellyfish:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Shaun Jackman (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
- Étienne Mollier (QA Page)
External Resources:
- Homepage [www.genome.umd.edu]
Similar packages:
Tæl k-mers i DNA-sekvenser - Pythonbindinger for jellyfish
JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.
JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.
Denne pakke indeholder Pythonbindingerne for jellyfish.
Other Packages Related to python3-dna-jellyfish
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.38) [not hppa, ia64, loong64]
- dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, riscv64]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.0) [ia64]
- Tæl k-mers i DNA-sekvenser - dynamisk bibliotek for jellyfish
- dep: libjellyfish-2.0-2 (>= 2.3.1) [not ia64]
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not ia64]
- GNU Standard C++ bibliotek v3
- dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
- dep: python3 (<< 3.10) [ia64]
- dep: python3 (<< 3.13) [hppa]
- dep: python3 (<< 3.14) [not hppa, ia64]
- dep: python3 (>= 3.11~) [hppa]
- dep: python3 (>= 3.13~) [not hppa, ia64]
- dep: python3 (>= 3.9~) [ia64]
Download python3-dna-jellyfish
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 2.3.1-4+b1 | 55.7 kB | 186.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 2.3.1-4+b1 | 54.8 kB | 239.0 kB | [list of files] |
| hppa (unofficial port) | 2.3.1-2+b1 | 74.2 kB | 384.0 kB | [list of files] |
| ia64 (unofficial port) | 2.3.0-12 | 67.0 kB | 280.0 kB | [list of files] |
| loong64 (unofficial port) | 2.3.1-4+b1 | 57.2 kB | 238.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 2.3.1-4+b1 | 55.2 kB | 245.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 2.3.1-4+b1 | 58.9 kB | 239.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 2.3.1-4+b1 | 58.2 kB | 171.0 kB | [list of files] |