Package: freecontact (1.0.21-13.1 and others)
Links for freecontact
Debian Resources:
Download Source Package freecontact:
- [freecontact_1.0.21-13.1.dsc]
- [freecontact_1.0.21.orig.tar.xz]
- [freecontact_1.0.21-13.1.debian.tar.xz]
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [rostlab.org]
Similar packages:
Hurtig protein-kontaktprædiktor
FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).
FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.
En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.
Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.
Denne pakke indeholder kommandolinjeværktøjet freecontact(1).
Other Packages Related to freecontact
|
|
|
|
-
- dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]
- bibliotek til programindstillinger for C++
-
- dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [not x32]
- bibliotek til programindstillinger for C++
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libfreecontact0t64 (>= 1.0.21)
- Hurtig protein-kontaktprædiktor - bibliotek
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [sparc64]
- GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid
-
- dep: libxerces-c3.2t64
- validating XML parser library for C++
-
- dep: perl
- Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
-
- sug: bash-completion
- Programmerbar færdiggørelse for bashskallen
-
- sug: hhsuite
- Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning
-
- sug: hmmer
- Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse
Download freecontact
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|---|
alpha (unofficial port) | 1.0.21-13.1+b1 | 336.3 kB | 1,900.0 kB | [list of files] |
amd64 | 1.0.21-13.1+b1 | 367.1 kB | 1,771.0 kB | [list of files] |
arm64 | 1.0.21-13.1+b1 | 332.3 kB | 1,827.0 kB | [list of files] |
armel | 1.0.21-13.1+b1 | 318.1 kB | 1,614.0 kB | [list of files] |
armhf | 1.0.21-13.1+b1 | 322.5 kB | 1,318.0 kB | [list of files] |
hppa (unofficial port) | 1.0.21-13.1 | 336.6 kB | 1,791.0 kB | [list of files] |
i386 | 1.0.21-13.1+b1 | 377.4 kB | 1,790.0 kB | [list of files] |
ia64 (unofficial port) | 1.0.21-13.1+b1 | 370.9 kB | 2,762.0 kB | [list of files] |
m68k (unofficial port) | 1.0.21-13.1+b1 | 367.9 kB | 1,834.0 kB | [list of files] |
mips64el | 1.0.21-13.1+b1 | 351.0 kB | 2,444.0 kB | [list of files] |
ppc64 (unofficial port) | 1.0.21-13.1+b1 | 360.0 kB | 2,339.0 kB | [list of files] |
ppc64el | 1.0.21-13.1+b1 | 360.3 kB | 2,083.0 kB | [list of files] |
riscv64 | 1.0.21-13.1+b1 | 355.3 kB | 1,503.0 kB | [list of files] |
s390x | 1.0.21-13.1+b1 | 342.1 kB | 1,763.0 kB | [list of files] |
sh4 (unofficial port) | 1.0.21-13.1 | 390.9 kB | 1,762.0 kB | [list of files] |
sparc64 (unofficial port) | 1.0.21-13.1+b2 | 302.9 kB | 2,664.0 kB | [list of files] |
x32 (unofficial port) | 1.0.21-13.1+b1 | 369.8 kB | 1,686.0 kB | [list of files] |