Package: freecontact (1.0.21-13)
Links for freecontact
Debian Resources:
Download Source Package freecontact:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [rostlab.org]
Similar packages:
Hurtig protein-kontaktprædiktor
FreeContact er en protein-kontaktrestprædiktor optimeret til hastighed. Dens indgang er en flersekvensopstilling. FreeContact kan fungere som en accelereret erstatning for de offentliggjorte kontaktprædiktorer EVfold-mfDCA af DS. Marks (2011) og PSICOV af D. Jones (2011).
FreeContact accelereres af en kombination af vektorinstruktioner, flere tråde og hurtigere gennemførelse af centrale dele. Afhængig af opstillingen er 8-fold eller højere hastighedsforøgelser mulige.
En tilstrækkelig stor tilpasning er påkrævet for meningsfulde resultater. Som minimum bør en opstilling med et effektivt (efter-vægtning) sekvensantal større end længden af søgesekvensen anvendes. Opstillinger med titusinder af (effektive) sekvenser betragtes som gode inddata.
Jackhmmer(1) fra hmmer-pakken eller hhblits(1) fra hhsuite kan anvendes til at oprette opstillingerne, f.eks.
Denne pakke indeholder kommandolinjeværktøjet freecontact(1).
Other Packages Related to freecontact
|
|
|
|
-
- dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1)
- bibliotek til programindstillinger for C++
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21)
- Hurtig protein-kontaktprædiktor - bibliotek
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: libxerces-c3.2
- validating XML parser library for C++
-
- dep: perl
- Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
-
- sug: bash-completion
- Programmerbar færdiggørelse for bashskallen
-
- sug: hhsuite
- Sensitiv proteinsekvenssøgning baseret på HMM-HMM-sammenligning
-
- sug: hmmer
- Profilskjulte Markov-modeller for proteinsekvensanalyse
Download freecontact
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 360.1 kB | 1,734.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 324.7 kB | 1,698.0 kB | [list of files] |
| armel | 309.5 kB | 1,537.0 kB | [list of files] |
| armhf | 313.2 kB | 1,257.0 kB | [list of files] |
| i386 | 372.4 kB | 1,781.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 349.5 kB | 2,443.0 kB | [list of files] |
| mipsel | 348.7 kB | 2,281.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 357.8 kB | 2,082.0 kB | [list of files] |
| s390x | 325.3 kB | 1,758.0 kB | [list of files] |