[ Source: centrifuge ]
Package: centrifuge (1.0.4.2-1 and others)
Links for centrifuge
Debian Resources:
Download Source Package centrifuge:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [ccb.jhu.edu]
Similar packages:
Hurtigt og hukommelseseffektivt system til klassifikation af DNA-sekvenser
Centrifuge er et meget hurtigt og hukommelseseffektivt system for klassifikation af DNA-sekvenser fra mikrobielle prøver, med bedre sensitivitet end og sammenlignelig præcision til andre ledende systemer. Systemet bruger et nyt indekseringsskema baseret på Burrows-Wheeler transform (BWT) og Ferragina-Manzini-indeks (FM), optimeret specifikt for det metagenomiske klassifikationsproblem. Centrifuge kræver et relativt lille indeks (f.eks. 4.3 GB for ~4,100 bakteriegenomer) men tilbyder meget hurtig klassifikationshastighed, så programmet kan behandle en typisk DNA-sekvenskørsel på en time. Sammen aktiverer disse fremskridt en præcis analyse af store metagenomiske datasæt på konventionelle skrivebordscomputere.
Other Packages Related to centrifuge
|
|
|
|
-
- dep: hisat2
- Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer
-
- dep: jellyfish
- Tæl k-mers i DNA-sekvenser
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.38) [not hppa, ia64, loong64]
- dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, riscv64]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]
- GNU Standard C++ bibliotek v3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not hppa]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
Download centrifuge
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 1.0.4.2-1 | 568.7 kB | 1,781.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 1.0.4.2-1 | 520.8 kB | 1,671.0 kB | [list of files] |
| hppa (unofficial port) | 1.0.3-11 | 597.6 kB | 1,679.0 kB | [list of files] |
| ia64 (unofficial port) | 1.0.3-12 | 779.7 kB | 3,011.0 kB | [list of files] |
| loong64 (unofficial port) | 1.0.4.2-1 | 531.1 kB | 1,607.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 1.0.4.2-1 | 539.0 kB | 1,903.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 1.0.4.2-1 | 578.0 kB | 1,864.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 1.0.4.2-1 | 589.5 kB | 1,415.0 kB | [list of files] |