Package: minia (3.2.6-3)
Links for minia
Debian Resources:
Download Source Package minia:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Olivier Sallou (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Steffen Moeller (QA Page)
External Resources:
- Homepage [minia.genouest.org]
Similar packages:
Kort-læst biologisk sekvensamler
Hvad der blev omtalt som »næste-generations« DNA-sekventering op til året 2020 leverede kun »korte« læsninger op til ~600 basepar i længden, der så skulle samles over tilfældige overlapninger i deres sekvens mod et komplet genom. Dette er genomsamlingen. Og der er mange biologiske faldgruber på lange strækninger af regioner med lav kompleksitet og variationer i kopital og andre slags redundans, der gør dette vanskeligt.
Denne pakke tilbyder en kort-læst DNA-sekvenssamler baseret på en de Bruijn-graf, der kan samle et menneskegenom på en skrivebordscomputer på en dag.
Resultatet af Minia er et sæt af contig'er, dvs. strækninger af hulfrie og lineære overlapninger af korte læsninger. I bedst mulige tilfælde er dette et helt kromosom.
Minia fremstiller resultater med tilsvarende sammenhæng og præcision som andre de Bruijn-samlere (f.eks. Velvet).
Other Packages Related to minia
|
|
|
|
-
- dep: bc
- GNU bc beregningssprog med arbitrær præcision
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2)
- dynamic library of the Genome Analysis Toolbox
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libhdf5-103-1
- HDF5 C-kørselstidsfiler - seriel version
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: zlib1g
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
-
- rec: samtools
- Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
-
- sug: bandage
- Bioinformatikprogram til nemt at navigere de novo-samlingsgrafer
Download minia
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 393.2 kB | 740.0 kB | [list of files] |