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fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

SSW is a fast implementation of the Smith-Waterman algorithm, which uses the Single-Instruction Multiple-Data (SIMD) instructions to parallelize the algorithm at the instruction level. SSW library provides an API that can be flexibly used by programs written in C, C++ and other languages. The library can do protein and genome alignment directly. Current version of this implementation is ~50 times faster than an ordinary Smith-Waterman. It can return the Smith-Waterman score, alignment location and traceback path (cigar) of the optimal alignment accurately; and return the sub-optimal alignment score and location heuristically.

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alpha (非官方移植版) 1.1-14 24。1 kB84。0 kB [檔案列表]
amd64 1.1-14+b1 20。7 kB56。0 kB [檔案列表]
arm64 1.1-14+b1 19。1 kB84。0 kB [檔案列表]
armel 1.1-14+b1 20。2 kB60。0 kB [檔案列表]
armhf 1.1-14+b1 20。7 kB52。0 kB [檔案列表]
i386 1.1-14+b1 25。3 kB80。0 kB [檔案列表]
ia64 (非官方移植版) 1.1-14 28。7 kB89。0 kB [檔案列表]
m68k (非官方移植版) 1.1-14 22。9 kB67。0 kB [檔案列表]
mips64el 1.1-14+b1 24。9 kB86。0 kB [檔案列表]
ppc64 (非官方移植版) 1.1-14 25。1 kB83。0 kB [檔案列表]
ppc64el 1.1-14+b1 19。7 kB84。0 kB [檔案列表]
riscv64 1.1-14+b1 25。1 kB60。0 kB [檔案列表]
s390x 1.1-14+b1 25。0 kB68。0 kB [檔案列表]
sh4 (非官方移植版) 1.1-14 26。8 kB83。0 kB [檔案列表]
sparc64 (非官方移植版) 1.1-14 22。9 kB1,045。0 kB [檔案列表]
x32 (非官方移植版) 1.1-14 20。5 kB55。0 kB [檔案列表]