Пакунок: ngmlr (0.2.7+dfsg-4 and others)

Links for ngmlr

Debian Resources:

Download Source Package ngmlr:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Nilesh Patra (QA Page)
Pranav Ballaney (QA Page)

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Інші пакунки пов'язані з ngmlr

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

Допоміжна бібліотека GCC
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити ngmlr

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
armhf	0.2.7+dfsg-4+b1	645.3 kB	1,002.0 kB	[список файлів]