Paquet : ngmlr (0.2.7+dfsg-4 et autres)

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Paquets similaires :

CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly and correctly align the reads, including those spanning (complex) structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find approximate mapping locations for a read and then a banded Smith- Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps less than for shorter ones to compute precise alignments.

Autres paquets associés à ngmlr

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6 (>= 2.29)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libssw0 (>= 1.1)

fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armhf	0.2.7+dfsg-4+b1	645,3 ko	1 002,0 ko	[liste des fichiers]