[ Source: sga ]
Пакунок: sga (0.10.15-7 and others)
Links for sga
Debian Resources:
Download Source Package sga:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
de novo genome assembler that uses string graphs
The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.
SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.
Інші пакунки пов'язані з sga
|
|
|
|
-
- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- Допоміжна бібліотека GCC
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
-
- dep: perl
- Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-ruffus
- Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)
-
- rec: abyss
- de novo, parallel, sequence assembler for short reads
Завантажити sga
| Архітектура | Версія | Розмір пакунка | Розмір після встановлення | Файли |
|---|---|---|---|---|
| mips64el | 0.10.15-7+b1 | 745.3 kB | 3,062.0 kB | [список файлів] |