[ Source: sga ]
Package: sga (0.10.15-7 and others)
Links for sga
Debian Resources:
Download Source Package sga:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
De novo-genomsamler som bruger strenggrafer
Hovedformålet med SGA er at være meget hukommelseseffektivt, hvilket opnås ved at bruge en komprimeret repræsentation af DNA-sekvenslæsninger.
SGA er en novo-samler for DNS-sekvenslæsninger. Programmet er baseret på Gene Myers' strenggrafformulation af samling og bruger FM-index/Burrows-Wheeler-transform til effektivt at finde overlapninger mellem sekvenslæsninger.
Other Packages Related to sga
|
|
|
|
-
- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: perl
- Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)
-
- dep: python3
- Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
-
- dep: python3-pysam
- Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3
-
- dep: python3-ruffus
- Python 3-bibliotek til beregning af datakanaler brugt indenfor bioinformatik
-
- dep: samtools
- Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
-
- rec: abyss
- De novo, parallel, sekvensassembler for korte læsninger
Download sga
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| mips64el | 0.10.15-7+b1 | 745.3 kB | 3,062.0 kB | [list of files] |