Balík: vcfanno (0.3.5+ds-3 a iné)

Odkazy pre vcfanno

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík vcfanno:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [github.com]

Podobné balíky:

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom vcfanno

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, loong64]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

podporná knižnica GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]
dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

Runtime library for GNU Go applications

Stiahnuť vcfanno

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	0.3.5+ds-2	625.6 kB	3,140.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	0.3.5+ds-3	2,623.7 kB	8,047.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.3.5+ds-3	2,234.6 kB	7,559.0 kB	[zoznam súborov]
armel	0.3.5+ds-3	2,314.1 kB	7,826.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.3.5+ds-3	2,306.1 kB	7,826.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.3.5+ds-3	2,497.5 kB	7,783.0 kB	[zoznam súborov]
loong64 (neoficiálny port)	0.3.5+ds-3	2,307.4 kB	7,750.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	0.3.5+ds-3	2,096.1 kB	8,858.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.3.5+ds-2	727.7 kB	4,594.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	0.3.5+ds-3	2,228.1 kB	7,879.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	0.3.5+ds-3	2,323.4 kB	7,623.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	0.3.5+ds-3	2,387.1 kB	8,519.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.3.5+ds-2	606.9 kB	4,930.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.3.5+ds-2	647.4 kB	2,660.0 kB	[zoznam súborov]