Paketti: vcfanno (0.3.5+ds-3 ja muut)

Links for vcfanno

Debian-palvelut:

Imuroi lähdekoodipaketti vcfanno:

Ylläpitäjät:

External Resources:

Kotisivu [github.com]

Samankaltaisia paketteja:

annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

Vcfanno allows you to quickly annotate your VCF with any number of INFO fields from any number of VCFs or BED files. It uses a simple conf file to allow the user to specify the source annotation files and fields and how they will be added to the info of the query VCF.

  * For VCF, values are pulled by name from the INFO field with special
    cases of ID and FILTER to pull from those VCF columns.
  * For BED, values are pulled from (1-based) column number.
  * For BAM, depth (count), "mapq" and "seq" are currently supported.

Vcfanno is written in go and it supports custom user-scripts written in Lua. It can annotate more than 8000 variants per second with 34 annotations from 9 files on a modest laptop and over 30K variants per second using 12 processes on a server.

Muut pakettiin vcfanno liittyvät paketit

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, loong64]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [ppc64, x32]

GCC:n apukirjasto

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]
dep: libgo22 [alpha, ppc64, sparc64, x32]

Runtime library for GNU Go applications

Imuroi vcfanno

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille
Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	0.3.5+ds-2	625.6 kt	3,140.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	0.3.5+ds-3	2,623.7 kt	8,047.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.3.5+ds-3	2,234.6 kt	7,559.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	0.3.5+ds-3	2,314.1 kt	7,826.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	0.3.5+ds-3	2,306.1 kt	7,826.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	0.3.5+ds-3	2,497.5 kt	7,783.0 kt	[tiedostoluettelo]
loong64 (epävirallinen siirros)	0.3.5+ds-3	2,307.4 kt	7,750.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.3.5+ds-3	2,096.1 kt	8,858.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.3.5+ds-2	727.7 kt	4,594.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.3.5+ds-3	2,228.1 kt	7,879.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.3.5+ds-3	2,323.4 kt	7,623.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	0.3.5+ds-3	2,387.1 kt	8,519.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.3.5+ds-2	606.9 kt	4,930.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.3.5+ds-2	647.4 kt	2,660.0 kt	[tiedostoluettelo]