[ Zdroj: sga ]
Balík: sga (0.10.15-7 a iné)
Odkazy pre sga
Zdroje Debian:
Stiahnuť zdrojový balík sga:
Správcovia:
- Debian Med Packaging Team (Stránka QA, Konferencia)
- Michael R. Crusoe (Stránka QA)
- Andreas Tille (Stránka QA)
Externé zdroje:
- Domovská stránka [github.com]
Podobné balíky:
de novo genome assembler that uses string graphs
The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.
SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.
Ostatné balíky súvisiace s balíkom sga
|
|
|
|
-
- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, arm64]
- knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.38) [nie amd64, arm64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64el]
- podporná knižnica GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
-
- dep: libgomp1 (>= 6)
- podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [amd64, arm64]
- štandardná knižnica C++ GNU v3
- dep: libstdc++6 (>= 14) [nie amd64, arm64]
-
- dep: perl
- Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-ruffus
- knižnica výpočtovej linky v jazyku Python 3 široko využívaná v bioinformatike
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie armhf]
- komprimačná knižnica - dynamická verzia
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armhf]
-
- rec: abyss
- de novo, parallel, sequence assembler for short reads
Stiahnuť sga
| Architektúra | Verzia | Veľkosť balíka | Nainštalovaná veľkosť | Súbory |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 0.10.15-7+b1 | 812.5 kB | 2,432.0 kB | [zoznam súborov] |
| arm64 | 0.10.15-7+b1 | 580.5 kB | 1,792.0 kB | [zoznam súborov] |
| armhf | 0.10.15-7+b2 | 608.1 kB | 1,342.0 kB | [zoznam súborov] |
| i386 | 0.10.15-7+b2 | 939.3 kB | 2,758.0 kB | [zoznam súborov] |
| ppc64el | 0.10.15-7+b2 | 711.9 kB | 2,303.0 kB | [zoznam súborov] |
| riscv64 | 0.10.15-7+b2 | 675.7 kB | 1,491.0 kB | [zoznam súborov] |