Пакет: progressivemauve (1.2.0+4713+dfsg-5 и другие)
Ссылки для progressivemauve
Ресурсы Debian:
- Сообщения об ошибках
- Developer Information
- Debian журнал изменений
- Файл авторских прав
- Отслеживание заплат Debian
Исходный код progressivemauve:
- [progressivemauve_1.2.0+4713+dfsg-5.dsc]
- [progressivemauve_1.2.0+4713+dfsg.orig.tar.xz]
- [progressivemauve_1.2.0+4713+dfsg-5.debian.tar.xz]
Сопровождающие:
Внешние ресурсы:
- Сайт [darlinglab.org]
Подобные пакеты:
multiple genome alignment algorithms
The mauveAligner and progressiveMauve alignment algorithms have been implemented as command-line programs included with the downloadable Mauve software. When run from the command-line, these programs provide options not yet available in the graphical interface.
Mauve is a system for efficiently constructing multiple genome alignments in the presence of large-scale evolutionary events such as rearrangement and inversion. Multiple genome alignment provides a basis for research into comparative genomics and the study of evolutionary dynamics. Aligning whole genomes is a fundamentally different problem than aligning short sequences.
Mauve has been developed with the idea that a multiple genome aligner should require only modest computational resources. It employs algorithmic techniques that scale well in the amount of sequence being aligned. For example, a pair of Y. pestis genomes can be aligned in under a minute, while a group of 9 divergent Enterobacterial genomes can be aligned in a few hours.
Mauve computes and interactively visualizes genome sequence comparisons. Using FastA or GenBank sequence data, Mauve constructs multiple genome alignments that identify large-scale rearrangement, gene gain, gene loss, indels, and nucleotide substutition.
Mauve is developed at the University of Wisconsin.
Другие пакеты, относящиеся к progressivemauve
|
|
|
|
-
- dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]
- filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
-
- dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [не x32]
- filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++
-
- dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]
- библиотека Boost.Iostreams
-
- dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [не x32]
- библиотека Boost.Iostreams
-
- dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [x32]
- program options library for C++
-
- dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [не x32]
- program options library for C++
-
- dep: libboost-system1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]
- Operating system (e.g. diagnostics support) library
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]
- вспомогательная библиотека GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, mips64el, ppc64, riscv64, sparc64, x32]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- вспомогательная библиотека GCC
-
- dep: libgenome0 (>= 1.3.11+svn20110227.4616)
- toolkit for developing bioinformatic related software
-
- dep: libmems1 (>= 1.6.0+4725) [alpha, ia64, ppc64, sparc64, x32]
- library to support DNA string matching and comparative genomics
-
- dep: libmems1t64 (>= 1.6.0+4725) [не alpha, ia64, ppc64, sparc64, x32]
- library to support DNA string matching and comparative genomics
-
- dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565) [sparc64]
- multiple alignment library for protein sequences
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- стандартная библиотека GNU C++ версии 3
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
-
- enh: mauve-aligner
- multiple genome alignment
Загрузка progressivemauve
| Архитектура | Версия | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|---|
| alpha (неофициальный перенос) | 1.2.0+4713+dfsg-5+b2 | 892,3 Кб | 6 441,0 Кб | [список файлов] |
| amd64 | 1.2.0+4713+dfsg-5+b3 | 850,6 Кб | 5 393,0 Кб | [список файлов] |
| arm64 | 1.2.0+4713+dfsg-5+b3 | 791,1 Кб | 5 774,0 Кб | [список файлов] |
| armel | 1.2.0+4713+dfsg-5+b3 | 671,7 Кб | 3 966,0 Кб | [список файлов] |
| armhf | 1.2.0+4713+dfsg-5+b3 | 668,8 Кб | 3 070,0 Кб | [список файлов] |
| hppa (неофициальный перенос) | 1.2.0+4713+dfsg-5+b3 | 939,2 Кб | 5 325,0 Кб | [список файлов] |
| i386 | 1.2.0+4713+dfsg-5+b3 | 842,1 Кб | 5 254,0 Кб | [список файлов] |
| ia64 (неофициальный перенос) | 1.2.0+4713+dfsg-5+b2 | 1 091,3 Кб | 9 489,0 Кб | [список файлов] |
| m68k (неофициальный перенос) | 1.2.0+4713+dfsg-5+b3 | 811,2 Кб | 5 262,0 Кб | [список файлов] |
| mips64el | 1.2.0+4713+dfsg-5+b3 | 823,7 Кб | 6 838,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64 (неофициальный перенос) | 1.2.0+4713+dfsg-5+b2 | 852,6 Кб | 7 313,0 Кб | [список файлов] |
| ppc64el | 1.2.0+4713+dfsg-5+b3 | 877,5 Кб | 6 863,0 Кб | [список файлов] |
| riscv64 | 1.2.0+4713+dfsg-5+b3 | 939,3 Кб | 4 687,0 Кб | [список файлов] |
| s390x | 1.2.0+4713+dfsg-5+b3 | 729,4 Кб | 5 366,0 Кб | [список файлов] |
| sh4 (неофициальный перенос) | 1.2.0+4713+dfsg-5+b3 | 920,5 Кб | 5 641,0 Кб | [список файлов] |
| sparc64 (неофициальный перенос) | 1.2.0+4713+dfsg-5+b2 | 813,5 Кб | 27 865,0 Кб | [список файлов] |
| x32 (неофициальный перенос) | 1.2.0+4713+dfsg-5+b2 | 887,1 Кб | 5 310,0 Кб | [список файлов] |