Paquet : progressivemauve (1.2.0+4713+dfsg-5 et autres)

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Paquets similaires :

multiple genome alignment algorithms

The mauveAligner and progressiveMauve alignment algorithms have been implemented as command-line programs included with the downloadable Mauve software. When run from the command-line, these programs provide options not yet available in the graphical interface.

Mauve is a system for efficiently constructing multiple genome alignments in the presence of large-scale evolutionary events such as rearrangement and inversion. Multiple genome alignment provides a basis for research into comparative genomics and the study of evolutionary dynamics. Aligning whole genomes is a fundamentally different problem than aligning short sequences.

Mauve has been developed with the idea that a multiple genome aligner should require only modest computational resources. It employs algorithmic techniques that scale well in the amount of sequence being aligned. For example, a pair of Y. pestis genomes can be aligned in under a minute, while a group of 9 divergent Enterobacterial genomes can be aligned in a few hours.

Mauve computes and interactively visualizes genome sequence comparisons. Using FastA or GenBank sequence data, Mauve constructs multiple genome alignments that identify large-scale rearrangement, gene gain, gene loss, indels, and nucleotide substutition.

Mauve is developed at the University of Wisconsin.

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dépendances

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enhances

dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++
dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

bibliothèque Boost.Iostreams
dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

bibliothèque d'options de programmes pour C++
dep: libboost-system1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

bibliothèque de système d'exploitation (par ex. gestion des diagnostics)
dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, arm64, ia64, loong64, sh4, x32]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, x32]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, loong64, mips64el, ppc64, riscv64, sparc64, x32]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

bibliothèque de prise en charge de GCC
dep: libgenome0 (>= 1.3.11+svn20110227.4616)

toolkit for developing bioinformatic related software
dep: libmems1 (>= 1.6.0+4725) [alpha, ia64, loong64, ppc64, sparc64]

library to support DNA string matching and comparative genomics
dep: libmems1t64 (>= 1.6.0+4725) [non alpha, ia64, loong64, ppc64, sparc64]

library to support DNA string matching and comparative genomics
dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565) [sparc64]

multiple alignment library for protein sequences
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non arm64, x32]

bibliothèque standard C++ de GNU v3

dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64, x32]
dep: libunwind8 [ia64]

bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

enh: mauve-aligner

multiple genome alignment

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	892,3 ko	6 441,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	850,6 ko	5 393,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.2.0+4713+dfsg-5+b4	815,3 ko	5 775,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	671,7 ko	3 966,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	668,8 ko	3 070,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	939,2 ko	5 325,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	842,1 ko	5 254,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	1 091,3 ko	9 489,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	1.2.0+4713+dfsg-5+b1	865,0 ko	5 429,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	811,2 ko	5 262,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	823,7 ko	6 838,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	852,6 ko	7 313,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	877,5 ko	6 863,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	939,3 ko	4 687,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	729,4 ko	5 366,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	920,5 ko	5 641,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.2.0+4713+dfsg-5+b2	813,5 ko	27 865,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.2.0+4713+dfsg-5+b3	890,7 ko	5 162,0 ko	[liste des fichiers]