Пакет: nanopolish (0.11.0-2)

Ссылки для nanopolish

Ресурсы Debian:

Исходный код nanopolish:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Сайт [github.com]

Подобные пакеты:

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Другие пакеты, относящиеся к nanopolish

зависимости

рекомендации

предложения

enhances

dep: libc6 (>= 2.27)

библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
dep: libgcc1 (>= 1:3.3.1)

вспомогательная библиотека GCC
dep: libgomp1 (>= 4.9)

вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)
dep: libhdf5-103

Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - runtime files - serial version
dep: libhts2 (>= 1.4.1)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

стандартная библиотека GNU C++ версии 3
dep: python

интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

библиотека сжатия

rec: python-biopython

Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)
rec: python-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)

sug: make

утилита управления компиляцией
sug: perl

практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

Загрузка nanopolish

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	2 162,9 Кб	9 781,0 Кб	[список файлов]