Package: mummer (3.23+dfsg-7)

alinhamento eficiente de seqüência para genomas completos

O MUMmer é um sistema para rapidamente alinhar genomas inteiros, seja na forma completa ou rascunho ("draft"). Por exemplo, o MUMmer 3.0 pode encontrar todos os pares de base 20 ("20-basepair") ou combinações mais longas entre um par de 5-megabase de genomas em 13,7 segundos, usando 78 MB de memória, em uma estação de trabalho Linux 2.4 GHz. O MUMmer também pode alinhas genomas incompletos; ele lida com 100s ou 1000s de "contigs" a partir de um projeto de seqüenciamento "shotgun" com facilidade, e os alinhará para outro conjunto de "contigs" ou um genoma usando o programa NUCmer incluído com o sistema. Se a espécie for muito divergente do alinhamento da seqüência de DNA para detectar similaridade, então o programa PROmer pode gerar alinhamentos baseados em até transições de seis-quadros ("six-frame") de ambas as seqüências de entrada.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

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