Pakiet: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 i inne)

Odnośniki dla lumpy-sv

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego lumpy-sv:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

Ogólna platforma probabilistyczna do odkrywania wariantów strukturalnych

LUMPY, nowatorska platforma odkrywania SV, która w naturalny sposób integruje wiele sygnałów SV łącznie dla wielu próbek. LUMPY zapewnia lepszą czułość, zwłaszcza gdy sygnał SV jest zmniejszony z powodu albo niskiego pokrycia danych, albo niskiej częstotliwości wariantów alleli wewnątrz próbki.

Inne pakiety związane z lumpy-sv

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: bamkit

Narzędzia do wykonywania typowych czynności z plikami BAM
dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.34) [nie arm64, armhf, riscv64]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, armhf, riscv64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64el]

Biblioteka wspomagająca GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]
dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg) [nie arm64, armhf, riscv64]

provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

dep: libgzstream0 (>= 1.5+git20171107.9a20658) [arm64, armhf, riscv64]
dep: libhts3t64 (>= 1.17)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
dep: python3-numpy

Biblioteka Pythona do obliczeń numerycznych (Python 3)
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samblaster

marks duplicates, extracts discordant/split reads
dep: samtools

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

rec: sambamba

tools for working with SAM/BAM data

Pobieranie lumpy-sv

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	0.3.1+dfsg-7+b1	205,3 KiB	689,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.3.1+dfsg-7+b2	171,9 KiB	677,0 KiB	[lista plików]
armel	0.3.1+dfsg-7+b1	162,2 KiB	567,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.3.1+dfsg-7+b2	169,7 KiB	547,0 KiB	[lista plików]
i386	0.3.1+dfsg-7+b1	221,6 KiB	735,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.3.1+dfsg-7+b1	194,5 KiB	805,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.3.1+dfsg-7+b3	190,8 KiB	529,0 KiB	[lista plików]