Pakiet: tiddit (3.6.1+dfsg-1 i inne) [debports]

Odnośniki dla tiddit

Zasoby systemu Debian:

Raporty o błędach

Pobieranie pakietu źródłowego :

Nie znaleziono

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [github.com]

Podobne pakiety:

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Inne pakiety związane z tiddit

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6.1 (>= 2.1.3)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

dep: python3 (<< 3.13)

dep: python3 (>= 3.11~)
dep: python3-joblib

tools to provide lightweight pipelining in Python
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python language (Python 3)
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Pobieranie tiddit

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	3.6.1+dfsg-1+b1	443,9 KiB	2 794,0 KiB	[lista plików]