Paquet : tiddit (3.6.1+dfsg-1 et autres) [debports]

Liens pour tiddit

Ressources Debian :

Rapports de bogues

Télécharger le paquet source :

Introuvable

Responsables :

Ressources externes :

Page d'accueil [github.com]

Paquets similaires :

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Autres paquets associés à tiddit

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libc6.1 (>= 2.1.3)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
dep: python3

langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

dep: python3 (<< 3.13)

dep: python3 (>= 3.11~)
dep: python3-joblib

tools to provide lightweight pipelining in Python
dep: python3-numpy

gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Télécharger tiddit

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	3.6.1+dfsg-1+b1	443,9 ko	2 794,0 ko	[liste des fichiers]