Pakiet: discosnp (1:2.6.2-3 i inne) [debports]

Odnośniki dla discosnp

Zasoby systemu Debian:

Raporty o błędach

Pobieranie pakietu źródłowego :

Nie znaleziono

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [colibread.inria.fr]

Podobne pakiety:

discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads

Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).

Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.

The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:

 1) its mean read coverage
 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.

This program is superseded by DiscoSnp++.

Inne pakiety związane z discosnp

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: gatb-core

Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph
dep: libc6.1 (>= 2.34)

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb
dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg)

dynamic library of the Genome Analysis Toolbox
dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

Biblioteka wspomagająca GCC
dep: libhdf5-103-1t64

HDF5 C runtime files - serial version
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3
dep: python3

Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie discosnp

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1:2.6.2-3+b1	1 407,7 KiB	3 063,0 KiB	[lista plików]