Pakiet: r-bioc-tfbstools (1.36.0+dfsg-2)

Odnośniki dla r-bioc-tfbstools

Zasoby systemu Debian:

Pobieranie pakietu źródłowego r-bioc-tfbstools:

Opiekunowie:

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [bioconductor.org]

Podobne pakiety:

GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis

TFBSTools is a package for the analysis and manipulation of transcription factor binding sites. It includes matrices conversion between Position Frequency Matirx (PFM), Position Weight Matirx (PWM) and Information Content Matrix (ICM). It can also scan putative TFBS from sequence/alignment, query JASPAR database and provides a wrapper of de novo motif discovery software.

Inne pakiety związane z r-bioc-tfbstools

wymaga

poleca

sugeruje

enhances

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.4) [nie arm64, ppc64el]
dep: r-api-4.0

pakiet wirtualny udostępniany przez r-base-core
dep: r-api-bioc-3.16

pakiet wirtualny udostępniany przez r-bioc-biocgenerics
dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

GNU R core of statistical computation and graphics system
dep: r-bioc-biobase (>= 2.28)

base functions for Bioconductor
dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.14.0)

generic functions for Bioconductor
dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.2.21)

BioConductor facilities for parallel evaluation
dep: r-bioc-biostrings (>= 2.36.4)

GNU R string objects representing biological sequences
dep: r-bioc-bsgenome (>= 1.36.3)

BioConductor infrastructure for Biostrings-based genome data packages
dep: r-bioc-cner (>= 1.4.0)

CNE Detection and Visualization
dep: r-bioc-dirichletmultinomial (>= 1.10.0)

Dirichlet-Multinomial Mixture Model Machine Learning for Microbiome Data
dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.6.1)

BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers
dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.20.6)

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals
dep: r-bioc-iranges (>= 2.2.7)

GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges
dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.28.10)

GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks
dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.9.25)

BioConductor S4 implementation of vectors and lists
dep: r-bioc-seqlogo (>= 1.34.0)

GNU R sequence logos for DNA sequence alignments
dep: r-bioc-xvector (>= 0.8.0)

BioConductor representation and manpulation of external sequences
dep: r-cran-catools (>= 1.17.1)

GNU R package providing various utility functions
dep: r-cran-dbi (>= 0.6)

GNU R package providing a generic database interface
dep: r-cran-gtools (>= 3.5.0)

Pakiet GNU R z narzędziami programistycznymi R, napisany przez Grega Warnesa i innych
dep: r-cran-rsqlite (>= 1.0.0)

Database Interface R driver for SQLite
dep: r-cran-tfmpvalue (>= 0.0.5)

GNU R P-Value Computation for Position Weight Matrices
dep: r-cran-xml (>= 3.98-1.3)

Pakiet GNU R do analizowania i tworzenia plików XML

sug: r-bioc-biocstyle (>= 1.7.7)

standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
sug: r-cran-knitr (>= 1.11)

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-rmarkdown

convert R markdown documents into a variety of formats
sug: r-cran-testthat

GNU R testsuite

Pobieranie r-bioc-tfbstools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	988,0 KiB	1 853,0 KiB	[lista plików]
arm64	987,3 KiB	1 905,0 KiB	[lista plików]
armel	988,9 KiB	1 904,0 KiB	[lista plików]
armhf	987,4 KiB	1 904,0 KiB	[lista plików]
i386	931,2 KiB	1 794,0 KiB	[lista plików]
mips64el	987,9 KiB	1 905,0 KiB	[lista plików]
mipsel	987,7 KiB	1 904,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	988,5 KiB	1 905,0 KiB	[lista plików]
s390x	987,7 KiB	1 849,0 KiB	[lista plików]