パッケージ: pizzly (0.37.3+ds-9) [debports]

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類似のパッケージ:

Identifies gene fusions in RNA sequencing data

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

その他の pizzly 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: kallisto

near-optimal RNA-Seq quantification
dep: libc6.1 (>= 2.36)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

GCC 共有ライブラリ
dep: libstdc++6 (>= 12.2.0-12)

GNU 標準 C++ ライブラリ v3
dep: libunwind8

プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
dep: python3

対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

圧縮ライブラリ - ランタイム

rec: python3-h5py

general-purpose Python interface to hdf5

pizzly のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
ia64 (非公式の移植版)	342.3 kB	1,558.0 kB	[ファイル一覧]