パッケージ: sga (0.10.15-7 など)

sga に関するリンク

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メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [github.com]

類似のパッケージ:

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

その他の sga 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
dep: libc6 (>= 2.34)

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

GCC 共有ライブラリ

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]
dep: libgomp1 (>= 6)

GCC OpenMP (GOMP) サポートライブラリ
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU 標準 C++ ライブラリ v3
dep: perl

Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
dep: python3

対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: python3-ruffus

Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

圧縮ライブラリ - ランタイム

rec: abyss

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

sga のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	0.10.15-7+b1	812.5 kB	2,432.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.10.15-7+b1	580.5 kB	1,792.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.10.15-7+b1	564.3 kB	1,727.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.10.15-7+b1	582.9 kB	1,279.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.10.15-7+b1	876.3 kB	2,607.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.10.15-7+b1	745.3 kB	3,062.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	0.10.15-7+b1	773.8 kB	2,910.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692.6 kB	2,304.0 kB	[ファイル一覧]