[ ソース: pairtools ]
パッケージ: python3-pairtools (1.0.2-2 など)
python3-pairtools に関するリンク
Debian の資源:
pairtools ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [github.com]
類似のパッケージ:
Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment
Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.
Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:
- Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
sequences of Hi-C DNA molecules
- Sort .pairs files for downstream analyses
- Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
- Generate extensive statistics of Hi-C datasets
- Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
- Restore .sam alignments from Hi-C pairs
その他の python3-pairtools 関連パッケージ
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- dep: cython3
- C-Extensions for Python 3
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- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, arm64, ppc64el 以外]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (<< 3.12)
- dep: python3 (>= 3.11~)
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- dep: python3-bioframe
- library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes
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- dep: python3-click
- Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
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- dep: python3-numpy (>= 1:1.22.0)
- Fast array facility to the Python 3 language
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- dep: python3-numpy-abi9
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python3-numpy
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- dep: python3-pandas
- data structures for "relational" or "labeled" data
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- dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~)
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
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- dep: python3-scipy
- scientific tools for Python 3
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- dep: python3-yaml
- YAML parser and emitter for Python3
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- sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)
- Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)
python3-pairtools のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| amd64 | 1.0.2-2+b1 | 161.5 kB | 685.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 1.0.2-2+b1 | 147.9 kB | 702.0 kB | [ファイル一覧] |
| armel | 1.0.2-2+b1 | 144.8 kB | 622.0 kB | [ファイル一覧] |
| armhf | 1.0.2-2+b1 | 144.9 kB | 554.0 kB | [ファイル一覧] |
| i386 | 1.0.2-2+b1 | 160.8 kB | 674.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 1.0.2-2+b1 | 146.4 kB | 776.0 kB | [ファイル一覧] |
| mipsel | 1.0.2-2+b1 | 144.8 kB | 702.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 1.0.2-2+b1 | 158.4 kB | 766.0 kB | [ファイル一覧] |