Package: minia (3.2.6-4 and others)

Links for minia

Debian Resources:

Download Source Package minia:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Olivier Sallou (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Steffen Moeller (QA Page)

External Resources:

Homepage [minia.genouest.org]

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assemblatore di sequenze biologiche a letture corte

Fino all'anno 2020 ciò che veniva chiamato sequenziamento di DNA di prossima generazione ("next-generation") produceva solo letture "corte", fino a ~600 paia basi in lunghezza, che poi dovevano essere unite come un puzzle, mediante sovrapposizioni casuali nella loro sequenza, fino ad un genoma completo. Questo è l'assemblamento di un genoma. Ci sono molti tranelli biologici in lunghi tratti di regioni a bassa complessità e variazioni nel numero di copie e altri tipi di ridondanze che lo rendono difficile.

Questo pacchetto contiene un assemblatore di sequenze di DNA a letture corte basato su un grafo di de Bruijn, capace di assemblare un genoma umano su un computer desktop in un giorno.

L'output di Minia è un insieme di contig, cioè tratti di sovrapposizioni lineari di letture corte privi di gap. Nel migliore caso possibile è un intero cromosoma.

Minia produce risultati con contiguità e accuratezza simili ad altri assemblatori di de Bruijn (es. Velvet).

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sug: bandage

applicazione bioinformatica per navigare facilmente grafi di assemblati de novo

Download minia

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3.2.6-4+b1	391.1 kB	745.0 kB	[list of files]
arm64	3.2.6-4+b1	384.2 kB	825.0 kB	[list of files]
mips64el	3.2.6-4+b1	382.4 kB	844.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.2.6-4+b1	392.5 kB	825.0 kB	[list of files]