Package: pdb-tools (2.5.1-1)

strumenti per manipolare e modificare file PDB

Manipolare file PDB (Protein Data Bank) è spesso difficoltoso. Estrarre una catena o un insieme di residui specifici, rinumerare residui, suddividere o unire modelli e catene, o semplicemente assicurarsi che il file sia conforme alle specifiche PDB, sono esempi di compiti che possono essere eseguiti usando qualsiasi decente libreria di parsificazione o interfaccia grafica. Ciò, tuttavia, quasi sempre richiede 1) conoscenza degli script 2) tempo e 3) l'installazione di uno o più programmi.

I pdb-tools sono stati progettati per essere un coltellino svizzero per il formato PDB. Non hanno dipendenze esterne oltre al linguaggio di programmazione Python. Sono i discendenti di un insieme di vecchi programmi in FORTRAN77 che avevano il particolare vantaggio di lavorare con flussi, cioè l'output di uno script poteva essere inviato via pipe ad un altro.

La filosofia degli script è semplice: uno script, un compito. Se si desiderano fare due cose, unire gli script con una pipe.

Questo pacchetto contiene gli strumenti a riga di comando.

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