scoperta e caratterizzazione dello stato della cromatina
ChromHMM è un software per imparare e caratterizzare gli stati della
cromatina. ChromHMM può integrare insiemi multipli di dati sulla cromatina,
come dati ChIP-seq di varie modificazioni degli istoni, per scoprire de
novo i principali ricorrenti modelli combinatori e spaziali dei mark.
ChromHMM è basato su un modello nascosto di Markov multivariato che modella
esplicitamente la presenza o l'assenza di ciascun mark della cromatina. Il
modello risultante può poi essere usato per annotare sistematicamente un
genoma in uno o più tipi di cellula. Calcolando automaticamente gli
arricchimenti dello stato per insiemi di annotazioni e funzionali su grande
scala, ChromHMM facilita la caratterizzazione biologica di ciascun stato.
ChromHMM produce anche file con mappe di annotazioni di stato della
cromatina per tutto il genoma che possono essere visualizzate direttamente
in un browser di genoma.
