Package: r-cran-alakazam (1.0.2-1) [debports]

Links for r-cran-alakazam

Debian Resources:

Bug Reports

Download Source Package :

Not found

Maintainers:

External Resources:

Homepage [cran.r-project.org]

Similar packages:

analisi di linee clonali e diversità per immunoglobuline

Alakazam fa parte dell'infrastruttura di analisi Immcantation per AIRR-seq (Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing) e fornisce un insieme di strumenti per investigare linee clonali, diversità, uso di geni e altre proprietà a livello di repertorio dei recettori di linfociti, con particolare attenzione al sequenziamento ad alte prestazioni di immunoglobuline (Ig).

Alakazam ha 5 scopi principali:

 * Fornire funzionalità di base per altri pacchetti R nell'infrastruttura
   Immcantation. Ciò include compiti comuni come I/O su file, manipolazione
   di base di sequenze di DNA e interazione con segmenti V(D)J e annotazioni
   di geni.
 * Fornire un'interfaccia R per interagire con l'output delle suite di
   strumenti pRESTO e Change-O.
 * Effettuare ricostruzioni di linee su popolazioni clonali di sequenze di
   Ig e analizzare la topologia degli alberi delle linee risultanti.
 * Effettuare analisi di abbondanza e diversità clonali su repertori
   linfocitari.
 * Effettuare analisi di proprietà fisico-chimiche delle sequenze dei
   recettori linfocitari.

Other Packages Related to r-cran-alakazam

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.4)

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

libreria di supporto a GCC
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

libreria GNU Standard C++, versione 3
dep: r-api-4.0

virtual package provided by r-base-core
dep: r-base-core (>= 4.0.2-1)

nocciolo del sistema per calcoli e grafici statistici GNU R
dep: r-cran-ape

pacchetto GNU R per analisi su filogenesi ed evoluzione
dep: r-cran-dplyr (>= 0.8.3)

grammatica GNU R di manipolazione dei dati
dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.2.0)

implementazione di Grammar of Graphics
dep: r-cran-igraph (>= 1.0.0)

analisi e visualizzazione di reti per GNU R
dep: r-cran-lazyeval

GNU R lazy (non-standard) evaluation
dep: r-cran-matrix

pacchetto GNU R di classi per matrici dense e sparse
dep: r-cran-progress

barre di avanzamento per il terminale di GNU R
dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12)

pacchetto GNU R per integrazione perfetta tra R e C++
dep: r-cran-readr

pacchetto GNU R per leggere dati testuali rettangolari
dep: r-cran-rlang

Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features
dep: r-cran-scales

funzioni di scalatura per la visualizzazione
dep: r-cran-seqinr

recupero e analisi di sequenze biologiche per GNU R
dep: r-cran-stringi

funzionalità per elaborazione di stringhe di caratteri per GNU R
dep: r-cran-tibble

semplici data frame per GNU R
dep: r-cran-tidyr (>= 1.0.0)

pacchetto GNU R per riorganizzare facilmente dati

sug: r-cran-knitr

GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming
sug: r-cran-rmarkdown

convert R markdown documents into a variety of formats
sug: r-cran-testthat

suite di test di GNU R

Download r-cran-alakazam

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
sparc64 (unofficial port)	1,855.4 kB	2,252.0 kB	[list of files]