Package: seaview (1:5.0.5-3 and others)

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interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia

SeaView è un visualizzatore ed editor per allineamenti multipli di sequenze, cioè sequenze di DNA o proteine sono posizionate ciascuna nella propria riga separata, in modo che il nucleotide/aminoacido in una particolare posizione (colonna) sia considerato avere la stessa proprietà biochimica.

SeaView legge e scrive vari formati di file (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) di sequenze di DNA e proteiche e di alberi filogenetici. Gli allineamenti possono essere modificati a mano. È il motore dei programmi Muscle o Clustal Omega per l'allineamento multiplo di sequenze e permette anche di utilizzare qualsiasi algoritmo esterno di allineamento in grado di leggere e scrivere file in formato FASTA. Calcola gli alberi filogenetici in base alla parsimonia usando l'algoritmo dnapars/protpars di PHYLIP, in base alla distanza su una varietà di distanze evolutive con l'algoritmo NJ o BioNJ oppure in base alla massima verosimiglianza usando il programma PhyML 3.0.

SeaView disegna alberi filogenetici sullo schermo o in file PostScript e permette di scaricare sequenze da EMBL/GenBank/UniProt usando Internet.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, interface::graphical, interface::x11, Networking: Client, Network Protocol: Need an extra tag, Role: role::program, scope::utility, Interface Toolkit: FLTK, Purpose: Need an extra tag, use::comparing, use::editing, Printing, use::viewing, works-with-format::plaintext, Works with: works-with::biological-sequence, x11::application

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dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64, sh4]

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dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
dep: libfltk-images1.3t64

Fast Light Toolkit - gestione caricamento delle immagini
dep: libfltk1.3t64 (>= 1.3.4)

Fast Light Toolkit - libreria condivisa principale
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

libreria di supporto a GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

libreria di supporto a GCC
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

libreria di supporto a GCC
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

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programma generico di allineamento di sequenze multiple per proteine
rec: muscle

programma per allineamenti multipli di sequenze proteiche
rec: phyml

stime filogenetiche usando il metodo della massima verosimiglianza

Download seaview

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1:5.0.5-3	370.1 kB	1,148.0 kB	[list of files]
amd64	1:5.0.5-3	389.0 kB	1,032.0 kB	[list of files]
arm64	1:5.0.5-3	348.5 kB	1,016.0 kB	[list of files]
armel	1:5.0.5-3	324.5 kB	948.0 kB	[list of files]
armhf	1:5.0.5-3	323.4 kB	756.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1:5.0.5-3	378.4 kB	1,075.0 kB	[list of files]
i386	1:5.0.5-3	400.8 kB	1,081.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1:5.0.5-2+b1	481.6 kB	1,909.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1:5.0.5-3	376.4 kB	1,080.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1:5.0.5-3	343.9 kB	972.0 kB	[list of files]
mips64el	1:5.0.5-3	378.7 kB	1,196.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1:5.0.5-3	406.0 kB	1,336.0 kB	[list of files]
ppc64el	1:5.0.5-3	418.9 kB	1,272.0 kB	[list of files]
riscv64	1:5.0.5-3	379.6 kB	852.0 kB	[list of files]
s390x	1:5.0.5-3	398.9 kB	1,116.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1:5.0.5-3	430.6 kB	951.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1:5.0.5-3	324.2 kB	1,219.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1:5.0.5-3	389.0 kB	1,001.0 kB	[list of files]