[ Source: toppic ]
Package: toppic (1.5.3+dfsg1-1 and others)
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- Homepage [proteomics.informatics.iupui.edu]
Similar packages:
identificazione e caratterizzazione top-down di proteoforme (programmi)
La TopPIC Suite consiste di 4 strumenti software per l'interpretazione di dati di spettrometria di massa top-down: TopFD, TopPIC, TopMG e TopDiff.
-TopFD (Top-down mass spectral Feature Detection) è uno strumento software per deconvoluzione spettrale top-down ed è un successore di MS-Deconv. Raggruppa picchi spettrali top-down in inviluppi isotopomeri e converte inviluppi di isotopomeri in masse neutre monoisotopiche. In aggiunta estrae caratteristiche di proteoforme da dati LC-MS o CE-MS.
-TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification and Characterization) identifica e caratterizza proteoforme a livello di proteoma e caratterizza proteoforme a livello di proteoma cercando spettri di massa tandem top-down in un database di sequenze proteiche. ToPIC è un successore di MS-Align+. Identifica in modo efficiente proteoforme con alterazioni inattese, come mutazioni e modifiche post-traduzione (PTM), stima accuratamente la significatività statistica delle identificazioni e caratterizza le proteoforme con spostamenti di massa sconosciuti che riporta. Usa diverse tecniche, come indici, allineamento degli spettri, metodi di funzione di generazione e il punteggio MIScore (Modification Identification Score), per aumentare velocità, sensibilità e accuratezza.
-TopMG (Top-down mass spectrometry based proteoform identification using Mass Graphs) è uno strumento software per identificare proteoforme ultra-modificate cercando spettri di massa tandem top-down in un database di sequenze proteiche. È in grado di identificare proteoforme con più PTM variabili e alterazioni inattese, come proteoforme di istoni e quelle fosforilate. Usa grafi di massa che rappresentano in modo efficiente le proteoforme candidate con più PTM variabili, per aumentare la velocità e la sensibilità della identificazione delle proteoforme. In aggiunta sono impiegati metodi di filtraggio approssimato basato su spettri per filtrare le sequenze proteiche e viene usato un metodo Monte Carlo a catena di Markov (TopMCMC) per stimare la significatività statistica delle identificazioni.
-TopDiff (Top-down mass spectrometry-based identification of Differentially expressed proteoforms) confronta l'abbondanza di proteoforme e trova proteoforme espresse in modo differente usando identificazioni di dati di spettrometria di massa top-down di diversi campioni di proteine.
Other Packages Related to toppic
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- dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)
- operazioni su filesystem (percorsi portabili, iterazione su directory, ecc.) in C++
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- dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)
- libreria per opzioni di programma per C++
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- dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)
- libreria di serializzazione per C++
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- dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)
- multi-thread C++ portabile
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 4.5)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni
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- dep: libpwizlite3t64 (>= 3.0.5)
- libreria per caricare file mzML/mzXML (file runtime)
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- dep: libqt5core5t64 (>= 5.15.1)
- modulo principale di Qt 5
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- dep: libqt5gui5t64 (>= 5.0.2)
- modulo GUI di Qt 5
- or libqt5gui5-gles (>= 5.0.2)
- modulo GUI di Qt 5 — variante OpenGL ES
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- dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.2.0~alpha1)
- modulo per widgets di Qt 5
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: libxerces-c3.2t64
- libreria per analizzatore XML con validazione per C++
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- dep: toppic-common (= 1.5.3+dfsg1-1)
- identificazione e caratterizzazione top-down di proteoforme (dati comuni)
Download toppic
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| riscv64 | 1.5.3+dfsg1-1+b3 | 4,220.1 kB | 25,933.0 kB | [list of files] |