Package: python3-biom-format (2.1.16-1 and others)

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formato BIOM (Biological Observation Matrix) (Python 3)

Il formato di file BIOM (Biological Observation Matrix, matrice di osservazioni biologiche) è progettato per essere un formato di uso generico per rappresentare campioni biologici con tabelle di contingenza delle osservazioni. BIOM è uno standard riconosciuto per l'Earth Microbiome Project ed è un progetto candidato del Genomics Standards Consortium.

Il formato BIOM è progettato per l'uso generico in vaste aree delle scienze -omiche comparative. Per esempio, in indagini su geni marker, l'uso principale di questo formato è quello di rappresentare tabelle OTU: in questo caso le osservazioni sono OTU e la matrice contiene i conteggi corrispondenti al numero di volte che ogni singola OTU è stata osservata in ciascun campione. Nel caso di dati di metagenomi, questo formato può essere usato per rappresentare tabelle metagenomiche: le osservazioni in questo caso potrebbero corrispondere ai sottosistemi SEED e la matrice conterrebbe i conteggi corrispondenti al numero di volte che ogni sottosistema è stato osservato in ciascun metagenoma. Analogamente, nel caso di dati genomici, questo formato può essere usato per rappresentare un insieme di genomi: le osservazioni in questo caso corrisponderebbero ancora una volta ai sottosistemi SEED e i conteggi corrisponderebbero al numero di volte che ogni sottosistema è stato osservato in ciascun genoma.

Questo pacchetto fornisce la libreria per il formato BIOM per l'interprete Python 3.

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sug: python-biom-format-doc

documentazione del formato BIOM

Download python3-biom-format

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.1.16-1+b2	143.8 kB	965.0 kB	[list of files]
amd64	2.1.16-1+b5	147.7 kB	894.0 kB	[list of files]
arm64	2.1.16-1+b5	138.6 kB	960.0 kB	[list of files]
armel	2.1.16-1+b4	138.0 kB	957.0 kB	[list of files]
armhf	2.1.16-1+b4	140.1 kB	893.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	2.1.16-1+b4	143.0 kB	876.0 kB	[list of files]
i386	2.1.16-1+b5	148.5 kB	897.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	2.1.16-1+b4	144.0 kB	960.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.1.16-1+b4	136.3 kB	728.0 kB	[list of files]
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ppc64el	2.1.16-1+b4	145.8 kB	1,024.0 kB	[list of files]
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