Package: prank (250331-1 and others)
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Similar packages:
kit per allineamenti probabilistici di sequenze di DNA, codoni e amminoacidi
PRANK è un programma per allineamenti multipli probabilistici per sequenze di DNA, codoni e amminoacidi. È basato su un algoritmo innovativo che tratta le inserzioni correttamente e evita di sovrastimare il numero degli eventi di delezione. In aggiunta PRANK prende a prestito idee dai metodi di massima verosimiglianza usati in filogenetica e prende in considerazione correttamente le distanze evolutive tra le sequenze. Da ultimo, PRANK permette di definire una struttura potenziale per le sequenze da allineare e poi, contemporaneamente all'allineamento, predice le posizioni delle unità strutturali nelle sequenze.
PRANK è un programma a riga di comando per ambienti in stile UNIX, ma lo stesso motore di allineamento delle sequenze è implementato nel programma grafico PRANKSTER. In aggiunta a fornire un'interfaccia facile da usare per coloro che non hanno familiarità con i sistemi Unix, PRANKSTER è un navigatore di allineamenti per gli allineamenti salvati in formato HSAML. Il nuovo formato permette di memorizzare tutte le informazioni generate dallo strumento di allineamento e il navigatore di allineamenti è un modo comodo per analizzare e manipolare i dati.
PRANK mira ad un allineamento di sequenze corretto dal punto di vista evolutivo e spesso il risultato è diverso da quelli generati con altri metodi di allineamento. Ci sono, tuttavia, casi in cui l'aspetto diverso è causato da violazioni degli assunti del metodo. Per capire perché le cose possono andare storto e come evitarlo, leggere la spiegazione delle differenze tra PRANK e i metodi tradizionali di allineamento progressivo.
Other Packages Related to prank
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- dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64, sh4]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]
- libreria di supporto a GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not ia64]
- libreria GNU Standard C++, versione 3
- dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]
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- dep: libunwind8 [ia64]
- libreria per tracciare la catena di chiamate di un programma - runtime
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- enh: t-coffee
- allineamento di sequenze multiple
Download prank
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| alpha (unofficial port) | 250331-1 | 324.2 kB | 1,216.0 kB | [list of files] |
| amd64 | 250331-1 | 383.6 kB | 1,203.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 250331-1 | 312.2 kB | 1,087.0 kB | [list of files] |
| armel | 250331-1 | 323.4 kB | 1,086.0 kB | [list of files] |
| armhf | 250331-1 | 325.1 kB | 830.0 kB | [list of files] |
| hppa (unofficial port) | 250331-1 | 341.7 kB | 1,075.0 kB | [list of files] |
| i386 | 250331-1 | 386.9 kB | 1,222.0 kB | [list of files] |
| ia64 (unofficial port) | 0.0.170427+dfsg-3 | 454.4 kB | 2,721.0 kB | [list of files] |
| loong64 (unofficial port) | 250331-1 | 326.8 kB | 1,087.0 kB | [list of files] |
| m68k (unofficial port) | 250331-1 | 350.7 kB | 1,190.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 250331-1 | 313.5 kB | 1,246.0 kB | [list of files] |
| ppc64 (unofficial port) | 250331-1 | 334.2 kB | 1,279.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 250331-1 | 339.7 kB | 1,215.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 250331-1 | 350.1 kB | 843.0 kB | [list of files] |
| s390x | 250331-1 | 370.3 kB | 1,131.0 kB | [list of files] |
| sh4 (unofficial port) | 250331-1 | 417.7 kB | 1,087.0 kB | [list of files] |
| sparc64 (unofficial port) | 250331-1 | 298.0 kB | 1,155.0 kB | [list of files] |
| x32 (unofficial port) | 250331-1 | 370.7 kB | 1,106.0 kB | [list of files] |