Package: seqprep-data (1.3.2-9)

insieme di dati d'esempio per seqprep - utilizzato solo per test

SeqPrep è un programma per unire letture Illumina con estremità accoppiate che si sovrappongono in un'unica lettura più lunga. Può anche essere usato per la sua funzionalità di taglio dell'adattatore, senza fare alcuna sovrapposizione delle estremità accoppiate. Quando è presente una sequenza adattatore, ciò significa che le due letture devono sovrapporsi (nella maggior parte dei casi) perciò vengono forzatamente unite. Quando le letture non hanno una sequenza adattatore devono essere trattate con cautela durante l'unione, perciò viene utilizzato un approccio molto più specifico. I parametri predefiniti sono stati scelti pensando alla specificità, perciò possono essere usati con insiemi di dati dove ci si aspetta di trovare molte poche letture con sovrapposizioni. Tuttavia la cosa più sicura è sempre quella di riservare la procedura di sovrapposizione per gli insiemi di dati per i quali si hanno conoscenze pregresse sul fatto che una porzione significativa delle sequenze ha delle sovrapposizioni.

Questo pacchetto non è pensato per il funzionamento normale di seqprep. Serve semplicemente come dati di test, oltre che come script di test.

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