Package: minimap2 (2.27+dfsg-1) [debports]

allineatore a coppie versatile per sequenze genomiche e nucleotidiche con splice

Minimap2 è un versatile programma per l'allineamento di sequenze che allinea sequenze di DNA o mRNA rispetto a un grande database di riferimento. Casi d'uso tipici includono: (1) mappatura di letture genomiche PacBio o Oxford Nanopore con il genoma umano; (2) ricerca di sovrapposizioni tra letture lunghe con tassi di errore fino a ~15%; (3) allineamento, tenendo conto degli splice, di letture PacBio Iso-Seq o Nanopore cDNA o Direct RNA rispetto a un genoma di riferimento; (4) allineamento di letture Illumina singole o accoppiate; (5) allineamento assemblaggio-verso-assemblaggio; (6) allineamento dell'intero genoma tra due specie strettamente imparentate con divergenza sotto a ~15%.

Per sequenze di letture di circa 10kb con rumore, minimap2 è decine di volte più veloce dei mappatori di letture lunghe più comuni, come BLASR, BWA-MEM, NGMLR e GMAP. È più accurato su letture lunghe simulate e produce allineamenti biologicamente significativi pronti per le analisi successive. Per letture corte Illumina >100bp, minimap2 è tre volte più veloce di BWA-MEM e Bowtie2, e altrettanto accurato su dati simulati. Valutazioni dettagliate sono disponibili nell'articolo o il preprint su minimap2.

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