Package: cwl-utils (0.33-1)

utilità per usare documenti CWL

cwl-docker-extract - crea una cache o fa il pre-pull per tutte le immagini dei contenitori software richiamati in un CWL CommandLineTool o CWL Workflow (inclusi tutti i CommandLineTool e sub-Workflow richiamati e così via).

cwl-cite-extract - stampa tutti i pacchetti software trovati (ricorsivamente) nel documento CWL specificato.

cwl-expression-refactor - fa il refactoring dei documenti CWL in modo che ogni valutazione di CWL Expression sia un passo separato (sia CWL ExpressionTool, sia CWL CommandLineTool). Ciò permette l'esecuzione da parte di motori CWL che non vogliono supportare la valutazione di espressioni in linea al di fuori di passi concreti, o non vogliono supportare direttamente in nessun modo il InlineJavascriptRequirement opzionale di CWL.

cwl-graph-split - divide in file multipli un file di documento CWL impacchettato. I documenti CWL impacchettati usano il costrutto $graph per contenere oggetti CWL Process multipli (Workflow, CommandLineTool, ExpressionTool, Operation). Tipicamente, i documenti CWL impacchettati contengono un CWL Workflow sotto il nome "main" e i passi del flusso di lavoro (inclusi tutti i sub-Workflow) [richiede cwlformat].

cwl-normalizer - normalizza un documento CWL e tutte le sue dipendenze in un singolo documento CWL in formato JSON, aggiornando a CWL v1.2, se necessario. Opzionalmente, può fare il refactoring di CWL Expression in passi separati alla maniera di cwl-expression-refactor [richiede cwl-upgrader].

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