Package: wtdbg2 (2.5-10)
Links for wtdbg2
Debian Resources:
Download Source Package wtdbg2:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
assemblatore de novo di sequenze per letture lunghe con rumore
Wtdbg2 è un assemblatore de novo di sequenze per letture lunghe con rumore prodotte da PacBio od Oxford Nanopore Technologies (ONT). Assembla le letture grezze senza correzione di errore e poi costruisce la sequenza di consenso dall'output di assemblaggio intermedio. Wtdbg2 è in grado di assemblare il genoma umano e persino il genoma di 32Gb dell'axolotl ad una velocità dieci volte più elevata di CANU e FALCON, pur producendo contig con accuratezza di basi comparabile.
Durante l'assemblaggio, wtdbg2 taglia le letture in segmenti di 1024 pb, unisce segmenti simili in un vertice e connette i vertici in base alla adiacenza dei segmenti nelle letture. Il grafico risultante è detto grafo di Bruijn fuzzy (FBG). È simile al grafo di De Bruijn, ma permette non corrispondenze/gap e mantiene i percorsi delle letture quando collassa i k-meri. L'uso di FBG distingue wtdbg2 dalla maggior parte degli assemblatori di letture lunghe.
Other Packages Related to wtdbg2
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)
- libreria di compressione - runtime
-
- sug: minimap2
- allineatore a coppie versatile per sequenze genomiche e nucleotidiche con splice
-
- sug: mummer
- Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi
-
- sug: perl
- "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall
-
- sug: samtools
- elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM
-
- sug: wtdbg2-examples
- esempi per wtdbg - assemblatore de novo di sequenze
Download wtdbg2
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 697.2 kB | 6,863.0 kB | [list of files] |