Package: biobambam2 (2.0.185+ds-2) [debports]

strumenti per elaborare file di allineamento a livello iniziale

Questo pacchetto contiene alcuni strumenti per elaborare file BAM e include:

  bamsormadup:       ordinamento parallelo e marcatura di duplicati;
  bamcollate2:       legge BAM e scrive BAM riordinati in modo che siano
                     allineati o accorpati in base al nome
                     dell'interrogazione;
  bammarkduplicates: legge BAM e scrive BAM con allineamenti duplicati
                     segnati usando il campo dei flag di BAM;
  bammaskflags:      legge BAM e scrive BAM mascherando (rimuovendo) bit
                     dalla colonna dei flag;
  bamrecompress:     legge BAM e scrive BAM con un'impostazione di
                     compressione definita; questo strumento è in grado di
                     usare il multi-threading;
  bamsort:           legge BAM e scrive BAM riordinati per coordinate o per
                     nome dell'interrogazione;
  bamtofastq:        legge BAM e scrive FastQ; l'output può essere confrontato
                     o meno con il nome dell'interrogazione.

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