Package: centrifuge (1.0.4.2-1)
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- Homepage [ccb.jhu.edu]
Similar packages:
sistema rapido ed efficiente nell'uso della memoria per classificare sequenze di DNA
Centrifuge è un sistema molto rapido e che usa la memoria in maniera efficiente per la classificazione di sequenze di DNA da campioni microbici, con migliore sensibilità e accuratezza paragonabile rispetto ad altri sistemi all'avanguardia. Il sistema usa un innovativo schema di indicizzazione basato sulla trasformata di Burrows-Wheeler (BWT) e l'indice Ferragina-Manzini (FM), ottimizzati specificamente per il problema della classificazione metagenomica. Centrifuge richiede un indice relativamente piccolo (es. 4,3 GB per ~4100 genomi batterici) ma fornisce una velocità di classificazione molto alta, permettendogli di elaborare una tipica esecuzione di sequenziamento di DNA entro un'ora. Insieme, questi progressi permettono analisi tempestive e accurate di vasti insiemi di dati metagenomici su normali computer da tavolo.
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- dep: libc6 (>= 2.38)
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also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not riscv64]
- libreria di supporto a GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
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- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: python3
- linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)
Download centrifuge
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 568.7 kB | 1,781.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 520.8 kB | 1,671.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 578.0 kB | 1,864.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 589.5 kB | 1,415.0 kB | [list of files] |