strumento flessibile per il taglio di letture per i dati NGS di Illumina

Trimmomatic effettua una varietà di utili compiti di ritaglio per i dati Illumina a terminali accoppiati e singoli. La selezione dei passi di ritaglio e i loro parametri associati sono forniti sulla riga di comando.

I passi attuali di ritaglio sono:

 * ILLUMINACLIP: taglia l'adattatore e altre sequenze specifiche di
   Illumina dalla lettura;
 * SLIDINGWINDOW: effettua un ritaglio a finestra mobile, tagliando una
   volta che la qualità media all'interno della finestra scende al di
   sotto di una soglia;
 * LEADING: taglia basi dall'inizio di una lettura, se al di sotto di una
   soglia di qualità;
 * TRAILING: taglia basi dalla fine di una lettura, se al di sotto di una
   soglia di qualità;
 * CROP: taglia la lettura ad una lunghezza specificata;
 * HEADCROP: taglia il numero specificato di basi dall'inizio di una
   lettura;
 * MINLEGHT: elimina la lettura se è al di sotto di una lunghezza
   specificata;
 * TOPHRED33: converte punteggi di qualità in Phred-33;
 * TOPHRED64: converte punteggi di qualità in Phred-64.

Funziona con FASTQ (usando punteggi di qualità Phred+33 o Phred+64, a seconda della pipeline Illumina usata), sia non compresso sia compresso con gzip. L'uso del formato gzip viene determinato sulla base dell'estensione .gz.

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