Package: disulfinder (1.2.11-8)

predittore della connettività e stato di legame del ponte disulfuro di cisteine

"disulfinder" serve a predire, a partire dalla sola sequenza, lo stato di legame con ponti disolfuro di cisteine e la loro connettività con ponte disolfuro. I ponti disolfuro hanno un ruolo importante nella stabilizzazione del processo di ripiegamento per molte proteine. La predizione di ponti disolfuro dalla sola sequenza è perciò utile per lo studio delle proprietà strutturali e funzionali di specifiche proteine. In aggiunta, la conoscenza dello stato di legame dei ponti disolfuro delle cisteine può aiutare il processo di determinazione sperimentale della struttura e può essere utile in altre attività di annotazione genomica.

"disulfinder" predice i modelli di ponti disolfuro in due passi di calcolo: (1) viene predetto lo stato di legame con ponte disolfuro di ciascuna cisteina usando un classificatore binario BRNN-SVM; (2) le cisteine di cui si sa che partecipano a formare ponti vengono accoppiate da una rete neurale ricorsiva per ottenere un modello di connettività.

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