Package: repeatmasker-recon (1.08-4)

trova famiglie di ripetizioni in sequenze biologiche

Il pacchetto RECON implementa un algoritmo de novo per l'identificazione di famiglie di ripetizioni in sequenze biologiche.

Il programma implementa un approccio per l'identificazione e classificazione de novo di famiglie di sequenze ripetute, che è basato su estensioni al consueto approccio con raggruppamento in cluster con linkage singoli di allineamenti a coppie locali tra sequenze genomiche. Le estensioni usano informazioni di allineamenti multipli per definire i limiti di copie individuali delle ripetizioni, e per distinguere famiglie di elementi ripetuti omologhe ma distinte. In test sul genoma umano questo approccio è stato in grado di identificare e raggruppare correttamente gli elementi trasponibili conosciuti. Il programma dovrebbe essere utile per il primo passaggio di classificazione automatica di ripetizioni in genomi sequenziati per la prima volta.

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