Package: last-align (963-2)
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- Homepage [last.cbrc.jp]
Similar packages:
confronto di sequenze biologiche su scala genomica
LAST è un software per confrontare ed allineare sequenze, tipicamente DNA o sequenze proteiche. LAST è simile a BLAST, ma gestisce meglio quantità molto grandi di dati di sequenza. Ci sono due cose che LAST fa molto bene:
* confrontare grandi genomi (ad esempio di mammiferi); * mappare molte etichette di sequenza su un genoma.
La principale innovazione tecnica è che LAST trova le corrispondenze iniziali in base alla loro molteplicità, invece di usare una dimensione fissa (BLAST ad esempio usa 10-meri). Ciò permette di mappare etichette su genomi senza fare la mascheratura delle ripetizioni e senza essere sopraffatti dalle corrispondenze ripetitive. Per trovare queste corrispondenze di dimensione variabile usa un array di suffissi (ispirato a Vmatch). Per ottenere un'alta sensibilità usa un array di suffissi non contigui, analogo a seed non consecutivi.
Other Packages Related to last-align
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- dep: libc6 (>= 2.14)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 6)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: parallel
- crea ed esegue righe di comando dallo standard input in parallelo
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- libreria di compressione - runtime
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- rec: python
- linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione Python 2)
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- rec: python-pil
- Python Imaging Library (fork Pillow)
Download last-align
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 737.1 kB | 3,543.0 kB | [list of files] |