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Package: lagan (2.0-3)

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strumento estremamente parametrizzabile per allineamento globale di coppia di sequenze genomiche

Lagan prende come ancore gli allineamenti locali generati da CHAOS e limita l'area di ricerca dell'algoritmo Needleman-Wunsch intorno a tali ancore.

Multi-LAGAN รจ una generalizzazione dell'algoritmo per allineamenti accoppiati di sequenze multiple. M-LAGAN esegue allineamenti di coppia progressivi guidati da un albero filogenetico specificato dall'utente. Gli allineamenti sono allineati agli altri allineamenti usando la metrica della somma delle coppie.

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