[ Source: e-mem ]
Package: e-mem (1.0.1-2)
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Similar packages:
calcolo efficiente di Maximal Exact Match per genomi molto grandi
E-MEM permette il calcolo efficiente di Maximal Exact Match (MEM) che non usa indici a tutto testo. L'algoritmo usa molto meno spazio ed è estremamente adatto alla parallelizzazione. Può calcolare tutti i MEM di lunghezza minima 100 tra i genomi completi dell'uomo e del topo su una macchina con 12 core in 10 minuti e 2 GB di memoria; la memoria richiesta può essere appena di 600 MB. Può funzionare in maniera efficiente su genomi di qualunque dimensione. Sono forniti ampi test e confronti con i migliori algoritmi di oggi.
Mummer ha molti script differenti nei quali uno dei programmi chiave è il calcolo dei MEM. In tutti gli script, il programma per il calcolo dei MEM può essere sostituito facilmente con e-mem per migliori prestazioni.
Other Packages Related to e-mem
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- dep: libc6 (>= 2.14)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libgomp1 (>= 4.9)
- libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- enh: mummer
- Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi
Download e-mem
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| amd64 | 35.5 kB | 110.0 kB | [list of files] |