Package: profbval (1.0.22-7)

predittore di residui flessibili/rigidi di proteine da sequenze

PROFbval può essere utile per la predizione sia delle strutture delle proteine, sia per le loro funzioni. Per esempio, un biologo può individuare determinanti potenzialmente antigenici identificando i residui più flessibili sulla superficie della proteina. Inoltre, un cristallografo può individuare residui che potenzialmente hanno alti fattori B sperimentali.

PROFbval accetta i seguenti input, ulteriormente descritti in profbval(1):

 * una sequenza di proteina in un file FASTA;
 * una predizione di prof(1) su accessibilità al solvente e struttura
   secondaria;
 * un file HSSP.

Retroscena: la mobilità di un dato residuo sulla superficie della proteina è correlata al suo ruolo funzionale, perciò l'identificazione di residui estremamente rigidi o flessibili sulla superficie della proteina è utile per identificare residui funzionalmente importanti nelle proteine. Una misura comune della mobilità degli atomi nelle proteine è il dato del fattore B da strutture di cristallografia a raggi X. PROFbval è il primo strumento che predice fattori B backbone normalizzati da sequenze di aminoacidi.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, Role: Debugging symbols

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