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Package: bppsuite (2.4.1-3)

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suite di programmi Bio++

La suite di programmi Bio++ è un pacchetto di programmi che usano le librerie Bio++ e che sono dedicati alla filogenetica e all'evoluzione molecolare. Tutti i programmi sono indipendenti, ma possono essere combinati per eseguire analisi piuttosto complesse. Questi programmi usano gli strumenti ausiliari di interfaccia delle librerie e perciò condividono la stessa sintassi. Hanno anche svariate opzioni in comune che possono essere condivise da software di terze parti.

Include i programmi:

 - BppML per analisi di massima verosimiglianza,
 - BppSeqGen per simulazione di sequenze,
 - BppAncestor per ricostruzione di stati ancestrali,
 - BppDist per metodi di distanza,
 - BppPars per analisi di parsimonia,
 - BppSeqMan per conversioni di file e manipolazione di sequenze,
 - BppConsense per costruire alberi di consenso e calcolare valori di
   bootstrap,
 - BppReRoot per cambiamento degli elementi radice dell'albero,
 - BppTreeDraw per disegnare alberi,
 - BppAlnScore per confrontare allineamenti e calcolare punteggi di
   allineamento,
 - BppMixedLikelihoods per calcolare verosimiglianze sito per sito
   di componenti di modelli mistura,
 - BppPopGen per analisi di genetica di popolazione.

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