Package: prodigal (1:2.6.3-6)

programma per trovare geni microbici (di batteri e archeobatteri)

Prodigal (Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm) è un programma per trovare geni microbici (di batteri e archeobatteri) sviluppato all'Oak Ridge National Laboratory dell'University of Tennessee. Le funzionalità principali di Prodigal includono:

Velocità: Prodigal è uno strumento estremamente veloce per il riconoscimento di geni (scritto in C molto standard). Può analizzare un intero genoma microbico in 30 secondi o meno.

Accuratezza: Prodigal trova geni in modo altamente accurato. Localizza correttamente il terminale 3' di ogni gene nell'insieme dei dati Ecogene sperimentalmente verificato (tranne quelli che contengono introni). Possiede un sistema molto sofisticato di punteggi per i siti di legame con ribosomi che gli permette di localizzare il sito di inizio della traduzione con grande accuratezza (il 96% dei terminali 5' nell'insieme di dati Ecogene è correttamente localizzato).

Specificità: Il confronto di Prodigal con altri programmi di identificazione di geni è buono per ciò che riguarda il tasso di falsi positivi di Prodigal che di solito è inferiore al 5%.

Insensibile al contenuto di GC: Prodigal dà buoni risultati anche in genomi con alto contenuto di GC, con più del 90% di corrispondenza perfetta (5'+3') rispetto alle annotazioni riviste di Pseudomonas aeruginosa.

Versione metagenomica: Prodigal può essere eseguito in modalità metagenomica e analizzare sequenze anche quando l'organismo è sconosciuto.

Facilità d'uso: Progigal può essere eseguito in un unico passaggio su un'unica sequenza genomica oppure su una bozza di genoma contenente molte sequenze. Non è necessario fornirgli alcuna conoscenza sull'organismo dato che apprende da solo tutte le proprietà di cui ha bisogno.

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