Package: libjellyfish-2.0-dev (2.3.0-15 and others)

conta i k-meri in sequenze di DNA (file di sviluppo di jellyfish)

JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.

JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".

Questo pacchetto contiene i file di sviluppo (libreria statica e file header).

Tags: Software Development: Libraries, Role: Development Library

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