Paquet : seqan-raptor (3.0.1+ds-9)

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Paquets similaires :

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Raptor is a system for approximately searching many queries such as next-generation sequencing reads or transcripts in large collections of nucleotide sequences. Raptor uses winnowing minimizers to define a set of representative k-mers, an extension of the interleaved Bloom filters (IBFs) as a set membership data structure and probabilistic thresholding for minimizers. This approach allows compression and partitioning of the IBF to enable the effective use of secondary memory.

Autres paquets associés à seqan-raptor

dépendances

recommandations

suggestions

enhances

dep: libbz2-1.0

Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)
dep: libc6 (>= 2.34)

bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [non riscv64]

bibliothèque de prise en charge de GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
dep: libgomp1 (>= 6)

bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 14)

bibliothèque standard C++ de GNU v3
dep: libyaml-cpp0.8 (>= 0.7.0)

YAML parser and emitter for C++
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

Bibliothèque de compression - binaires

sug: cwl-runner

paquet virtuel fourni par cwltool, toil

Télécharger seqan-raptor

Télécharger pour toutes les architectures proposées
Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	679,0 ko	2 216,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	576,8 ko	2 040,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	656,0 ko	2 424,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	653,2 ko	1 616,0 ko	[liste des fichiers]